De Bonte Vliegenvanger is bij ons minder talrijk als de Grauwe Vliegenvanger. Je komt ze tegen in halfopen loof- en gemengde bossen met gevarieerde structuur. Het meeste nog in het Oosten van Nederland. 

Ze bouwen een nest in holtes, bij voorkeur in Eiken. Maar ze nestelen ook in nestkastjes met een open voorkant, spouwmuren of spleet. 

Hun voedsel bestaat uit geleedpotigen, zoals spinnen, mieren, bijen en soortgelijke prooien. 

Het is een trekvogel en de vogels die bij ons broeden, trekken in Zuidelijke tot Zuidwestelijke richting weg.